Ozon wirkt als starkes Oxidations- und Desinfektionsmittel toxisch, vor allem beim Einatmen von ozonhaltiger Luft können Reizungen der Atemorgane auftreten. Der Vorteil von Ozon hinsichtlich seiner toxischen Wirkung ist, dass es im Wasser im Gegensatz zu anderen Desinfektionsmitteln rasch abgebaut wird.

In stark chloridhaltigem Wasser (Meerwasser, Brackwasser) können als Nebenprodukte der Elektrolyse geringe Mengen an Chlor bzw. Hypochlorit entstehen. Diese wirken ebenso als Desinfektionsmittel wie Ozon, bauen sich aber wesentlich langsamer ab. Bei lange anhaltender Elektrolyse in stehendem Wasser kann es auch zur Bildung von Spuren von Chlorat kommen. Durch die hohen Stromdichten und die damit verbundene Stofftransportlimitierung zur aktiven Elektrodenfläche ist die Chlorbildung in Wasser von Trinkwasserqualität vernachlässigbar klein.

Es ist allgemein bekannt, dass Ozon Bromid zu Bromat oxidiert. Bromate sind Kanzerogene, weshalb diese Reaktion unerwünscht ist. Es existieren in der Trinkwasserverordnung entsprechende Grenzwerte.